Dejó su cargo hace 6 meses, y fue el encargado de ordenar un Sumario Sanitario contra el Presidente Sebastián Piñera por circular por la playa de Cachagua y fotografiarse con la gente sin usar la mascarilla. La investigación de aquel entonces terminó con una multa de $ 2.500.000 en contra del mandatario. 

Luego de su salida del cargo, se habló de una mala relación con el Intendente Jorge Martínez, lo que él negó tajantemente.

En entrevista con Radio Biobío, el ex Seremi de Salud de Valparaíso, Francisco Álvarez, dijo que “El Permiso de Vacaciones para nosotros -como Región- fue fatal”. 

También afirmó que a nivel local tenían muy poco margen para hacer cosas y que, si se unifica un criterio para todo el país con tantas realidades distintas, se hace muy difícil manejar la pandemia.

Mientras fue Seremi, Francisco Álvarez tuvo covid-19 y estuvo conectado a un ventilador mecánico durante varias semanas.